Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, virus, archées) qui colonisent durablement un hôte, qu’il s’agisse d’un être humain, d’un animal ou d’une plante. Sa composition n’est pas figée, mais résulte d’un processus dynamique d’adaptation écologique. Les espèces qui s’y établissent sont celles qui ont réussi à s’ajuster aux conditions spécifiques du milieu : pH, température, disponibilité en nutriments, système immunitaire de l’hôte, ou encore interactions avec d’autres micro-organismes. Par exemple, dans le tube digestif humain, des bactéries comme les Bacteroides ou les Firmicutes dominent car elles ont évolué pour fermenter les fibres indigestes et produire des acides gras à chaîne courte essentiels à la santé intestinale. Cette prédominance reflète une coévolution millénaire : le microbiote ne se contente pas de traverser l’organisme, il s’y installe, y trouve un écosystème propice et y maintient un équilibre fonctionnel. Des facteurs comme l’alimentation, l’âge, l’environnement ou la prise d’antibiotiques peuvent modifier cette composition, mais les souches les mieux adaptées conservent généralement leur place privilégiée, assurant ainsi la stabilité et le rôle physiologique du microbiote au fil du temps.