Dès les années 1860, Louis Pasteur observe que ses cultures microbiennes s'atténuent après plusieurs passages en laboratoire. Il comprend alors que les microbes évoluent pour s'adapter à leur milieu artificiel. En 1880, Robert Koch identifie les agents pathogènes spécifiques de maladies comme le charbon ou la tuberculose, reliant la virulence à des traits héréditaires. Ces travaux fondent rapidement la microbiologie évolutive moderne : les populations bactériennes mutent rapidement, sélectionnant des souches résistantes ou moins virulentes selon les contraintes. Cette adaptation continue explique pourquoi les pathogènes changent de comportement face aux traitements ou à l'immunité de l'hôte.