Loin d'être de simples pathogènes passifs, les virus agissent comme des vecteurs majeurs d'innovation biologique par transfert horizontal de gènes. En insérant leur matériel génétique dans celui de l'hôte, ils introduisent de nouvelles fonctions métaboliques ou structurelles qui peuvent être sélectionnées sur le long terme. L'exemple le plus frappant concerne la syncytine, une protéine d'origine rétrovirale indispensable au développement du placenta chez les mammifères placentaires. Sans cette « capture » virale il y a plus de 100 millions d'années, l'utérus n'aurait pas pu accueillir les embryons en développement prolongé, rendant impossible l'évolution des mammifères modernes.