En 1866, Ernst Haeckel publie sa Généalogie des êtres vivants, établissant un lien fort entre embryogenèse et phylogénie. Il constate que les stades précoces des vertébrés (poissons, reptiles, mammifères) se ressemblent étonnamment, portant des fentes branchiales et une queue. Cette similitude reflète un ancêtre commun partagé, dont les programmes génétiques conservés guident la morphogenèse. Bien que sa loi de la récapitulation soit nuancée, Haeckel ouvre la voie à l'embryologie comparée. L'étude des gènes Hox, découverte plus tard, confirme que les mêmes interrupteurs moléculaires orchestrent la construction du corps à travers l'évolution.