Pendant longtemps, les scientifiques désignaient l’ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement donné par le terme « microflore », emprunté au vocabulaire botanique. Cette appellation, bien que courante, révélait ses limites : elle suggérait une simple juxtaposition d’espèces, à l’image d’un jardin de plantes, sans rendre compte des interactions complexes, de la diversité fonctionnelle ou de la dynamique temporelle de ces écosystèmes. Avec les progrès fulgurants de la métagénomique et du séquençage à haut débit, la communauté scientifique a progressivement privilégié le terme « microbiote ». Issu du grec bios et sitos, ce mot met l’accent sur un réseau écologique actif, où bactéries, archées, champignons, virus et protistes cohabitent, échangent des signaux chimiques et influencent mutuellement leur hôte ou leur milieu. Par exemple, le microbiote intestinal humain n’est pas un simple réservoir passif de microbes ; il régule l’immunité, synthétise des vitamines, module le métabolisme et répond en temps réel à l’alimentation ou aux antibiotiques. De même, le microbiote des sols ou des récifs coralliens démontre une plasticité remarquable face aux changements environnementaux. Cette évolution terminologique reflète donc un changement de paradigme : on ne passe plus d’une vision statique et descriptive à une approche systémique et fonctionnelle, essentielle pour comprendre la santé, l’agriculture durable ou la restauration des écosystèmes.